90-е годы сложились для клуба весьма противоречиво. В то время как их основные противники — «Ювентус» и «Милан» — доминировали в Италии и имели определённые успехи в Европе, «Интернационале» оставался позади, в сезоне 1993/94 от вылета из Серии А Интер спасло одно очко. Тем не менее в этом десятилетии «Интер» добился трёх побед в Кубке УЕФА. В 1995 году президент Интера Массимо Моратти пообещал достижений, и в этот период были подписаны Роналдо из «Барселоны», Кристиан Вьери и Эрнан Креспо из «Лацио». Но, несмотря на это, Интернационале так и не одержал ни одной победы в Серии А за десятилетие.
В сезоне 1999/2000 Массимо Моратти сделал множество серьёзных изменений в клубе, заключив несколько контрактов с видными персонами, в частности контракт с известным тренером Марчело Липпи и контракты с такими игроками, как Анджело Перуцци, Лоран Блан и Владимир Югович. Но эти сделки не помогли команде выиграть Скудетто.
В 2002 году Интер был в 45-ти минутах от завоевания Скудетто, было необходимо победить «Лацио» на Олимпийском стадионе в Риме в последнем туре чемпионата. За Интером в турнирной таблице располагались «Ювентус» и «Рома», которые при определённых обстоятельствах могли стать чемпионом. Во время матча некоторые болельщики «Лацио» поддерживали «Интер», не желая, чтобы их главному сопернику, «Роме», достался чемпионский титул. После первого тайма счёт был 2:2, во втором тайме «Лацио» забил два гола и выиграл, в результате чемпионом стал «Ювентус», который выиграл матч у «Удинезе» со счётом 2:0.
В сезоне 2002/2003 Интернационале занял второе место в чемпионате и достиг полуфинала Лиги чемпионов, где проиграл «Милану» В следующем сезоне Массимо Моратти продал Эрнана Креспо и уволил с поста главного тренера Эктора Купера. В 2003 году клуб возглавил Альберто Дзаккерони. В начале сезона клуб выиграл 7 матчей из 8-ми, а в конце сезона занял лишь 4-е место и право участия в Лиге чемпионов; в том же сезоне клуб потерпел крупное поражение от лондонского «Арсенала» 1:5. Вскоре президент «Интера» Массимо Моратти принял решение уволить Дзаккерони. В сезоне 2003/04 были приобретены Деян Станкович и Адриано.
15 июня 2005 года Интер выиграл Кубок Италии, победив в финале по сумме двух матчей «Рому» (1:0 в Милане и 2:0 в Риме), а затем, 20 августа, победил в Суперкубке Италии «Ювентус» (1:0; доп. вр.). 11 июня 2006 года «Интер» выиграл второй подряд Кубок Италии, снова победив в финале «Рому» (1:1 и 4:1).

16-е скудетто.

В сезоне 2005/06 в результате Кальчополи «Интер» стал чемпионом. Изначально чемпионом стал «Ювентус», но в связи с судейским скандалом он был переведён в Серию В, а с «Лацио», «Фиорентины», «Реджины» и «Милана» были сняты очки. В сезоне 2006/07 Интер сохранил у себя скудетто. Этот сезон Интер начал с 17-ти побед подряд, начав эту серию домашней победой над «Ливорно» и прервав ничьей 1:1 в домашнем матче с «Удинезе». 22 апреля 2007 года «Интер» стал чемпионом после победы 2:1 над «Сиеной».
В сезоне 2007/08 на стадии 1/8 финала Лиги Чемпионов Интер уступил Ливерпулю по сумме двух матчей (0:1; 0:2). После этого поражения будущее Манчини в клубе было поставлено под вопрос. С 2008 года тренером «Интера» стал Жозе Моуринью. В первом сезоне под управлением Моуринью «Интер» выиграл Суперкубок и четвёртый скудетто подряд, однако в Лиге чемпионов потерпел поражение от «Манчестер Юнайтед» в 1/8 финала по сумме двух матчей (0:0; 0:2).
В сезоне 2009/2010 Интер в 18-й раз в своей истории и пятый раз подряд, стал чемпионом Италии. Его ближайший соперник по турнирной таблице — «Рома», отстал на 2 очка. В этом сезоне Интер, впервые с 1972 года вышел в финал Лиги чемпионов, по пути обыграв в 1/8 финала «Челси» с общим счётом 3:1 (2:1, 1:0); в 1/4 финала «ЦСКА» с общим счетом 2:0 (1:0, 1:0) и в полуфинале «Барселону» 3:1 и 0:1. В финале команда Жозе Моуринью обыграла «Баварию» со счётом 2:0 за счёт дубля Диего Милито и выиграла свой третий Кубок Чемпионов.
10 июня 2010 года «Интер» объявил о подписании контракта с испанским тренером Рафаэлем Бенитесом., но 23 декабря того же года был отправлен в отставку, не найдя общего языка с руководством по поводу трансферной политики.
24 декабря 2010 года новым главным тренером «Интера» стал 41-летний специалист Леонардо. Соглашение рассчитано до 30 июня 2012 года